南京农业大学有作物学、植物保护、农业资源与环境、兽医学、食品科学与工程、农林经济管理、现代园艺科学、农业信息学等王牌专业。
一级学科国家重点学科:作物学、植物保护、农业资源利用、兽医学。
二级学科国家重点学科:蔬菜学、农业经济管理、土地资源管理。
国家重点(培育)学科:食品科学。
十二五期间一级学科省重点学科:科学技术史、畜牧学、公共管理、生态学、草学。
二级学科省重点学科:植物学、微生物学、科学技术史、食品科学、果树学、植物营养学、动物营养与饲料科学、基础兽医学、临床兽医学、土地资源与管理、生物信息学、农村发展、植物检疫与生物安全、农业信息学。
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