1.限制性站点指标
确认限制性网站适合克隆。独特性,甲基化敏感性,特殊性质以粗体显示独特的限制性位点,或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组,不要被愚弄,因为限制性位点被Dam,Dcm或EcoKI甲基化阻断。SnapGene将自动用星号标记该站点,利用工具提示来避免有问题的限制网站。
2.限制性克隆
可视化克隆过程的所有方面,如果您已经考虑过程,则模拟只需几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷,则可以捕获并纠正错误。
3.PCR
模拟标准PCR,使用您自己的引物,或要求SnapGene自动设计引物。产品文件在其历史记录中存储模板和引物。
4.重叠延伸PCR
通过重叠延伸PCR融合片段,最多可组装八个碎片。选择要连接的片段及其方向,SnapGene将设计引物。
5.引物定向诱变
使用诱变引物进行定点诱变,选择诱变引物,按下按钮查看修饰的质粒。历史颜色突出了突变。
1.In-Fusion克隆:一种多用途、多用途的方法来创建无国界的基因连接。SnapGene是第一个模拟这种方法的软件。只要选择你想要混合的DNA的片段,程序就会设计它。
2.Gibson Assembly:许多研究人员在不使用限制性酶的情况下将Gibson Assembly转化为质粒。通过PCR将DNA的片段连接起来进行干扰。
3.PCR及诱变:经引物设计后,可用于常规PCR克隆、共PCR扩增或诱变。得到的DNA序列文件可以立即进行进一步的操作。
4.自动文档化:自动记录模拟项目中的步骤。每次编辑或模拟序列时,此方法都会自动记录在图形历史记录中。在模拟DNA的结构之后,您可以使用历史作为实验协议。
5.琼脂糖凝胶电泳:使用先进的算法创建逼真的琼脂糖模拟。有限的部分显示在三种模拟凝胶格式,数值列表和序列图。您可以使用这种模拟凝胶来计划诊断约束或将图像与预测模式进行比较。
GSL Biotech SnapGene的安装过程较为简单,不过正常安装完用户需要激活注册才能真正无限制的使用软件,所以小编这里带来的破解版附带破解补丁,破解方法也非常简单,下面小编就进行讲解:
1、安装SnapGene,完成后不要打开软件;
2、Crack文件夹下的snapgene.exe文件到安装安装目录覆盖同名文件;C:\Program Files (x86)\SnapGene
3、GSL Biotech SnapGene破解完成。
SnapGene是非常强大的的基因工具,能进行多样的科研工作,也可以对基因序列进行比对,而第一次使用软件进行比对的新手会比较渺茫,不知道如何操作,这里小编就带来教程,让你学会比对:
SnapGene具有序列比对的功能。当拿到测序结果后,我们需要比对检测我们建立的克隆是否序列正确或确定基因敲除结果突变类型。如下图所示,先在SnapGene中打开参考序列或目的基因序列,然后选择View → Show Alignments或者点击左边菜单,
再选取测序文件,即可得到序列比对图,下图是小编做Crispr-Cas9基因敲除后一代测序结果比对:
比对结果显示15-3.2-11,13、15-3.3-9与参考序列比对在靶位点位置分别缺失14个碱基,2个碱基,在软件上可以简单明了看到差异。
SnapGene可以非常方便的对引物进行设计绘制,操作方法也同样简单,只要按照如下步骤进行即可:
在多克隆位点处找到合适的两个酶切位点。在目的基因上下游截取15-30bp序列,点击Primers→Add primers。如图:
给该引物命名,然后点击Insertion,在该引物上添加之前选择好的酶切位点序列,如图选择了EcoR I,点击Insert即可完成(必要时需要加保护碱基),还可以在引物上添加多肽标签,如6×His等。最后点击add primer to template,即可完成引物设计与添加。