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BioEdit软件是一款为分子生物学科研人员提供的序列对比工具，这款软件可以让你在电脑上通过简单的点击操作查看和操作序列。这款软件和同类工具DNAMAN 相比，其分析内容相对更丰富一些，并且提供了很多网络程序的分析界面和接口。

首先要把所有的序列到windows自带的记事本中，全部以fasta格式存到同一个文件中，保存成*.txt，序列内部最好不要有空格或者换行。序列格式举例如下：“>序列1ATCG..........ATCG>序列2ATCG..........ATCG>序列3ATCG..........ATCG>序列4ATCG..........ATCG”

然后用Bioedit打开刚才保存的文件*.txt，点击窗口上方的Accessory application菜单，再点击clustelW multiple alignment，这时候会弹出一个窗口，直接选择Run clustalW，又弹出一个窗口，选择ok，等待结果就行了。最后的比对结果可以保存成*.fas格式，适用于各种分析。

手对齐的几种模式

自动化ClustalW对齐

自动爆炸搜索（本地和WWW）

质粒绘图和注释

附件应用程序配置

限制映射